依據大陸稅務法令，辦事處因為沒有取得收入，通常僅以其經費支出按照15%的核定利潤率換算「收入及利潤」，完納當地企業所得稅及增值稅。由於辦事處維繫成本不高，常常被台商用來做為潛在業務版圖拓展的試金石。

KPMG安侯建業聯合會計師事務所稅務投資部China Practice協理任之恒解釋，辦事處之正式名稱為「常駐代表機構」，僅可從事與總部產品銷售相關之聯絡活動，不得從事營利性活動，如產品推銷或簽訂合同。如辦事處逾越規範從事銷售活動，依工商部門之相關法令，將會存在被罰款或沒收違法所得的風險。此外，稅務上亦將衍生被視為台灣總部之「機構場所」的可能性。大陸辦事處若被視為台灣總部之「機構場所」，縱使相關銷售收入認列在台灣，大陸稅務機關仍有權課稅。

KPMG安侯建業聯合會計師事務所稅務投資部China Practice會計師劉中惠補充，實務上，銷售聯絡活動與產品業務推銷間之界定存在一定的模糊空間，以往不少客戶認為只要用台灣公司名義簽約、不在大陸接單，就可避掉大陸那塊業務所得問題。然而，在近年國際稅務查核趨勢中，主管機關多採用實質重於形式的概念，若促使交易成立之大部分行為均在大陸進行，實質上即已涉及營利性銷售活動，大陸稅務機關就有權課稅。

劉中惠進一步表示，影響所至還可能關乎赴陸支援辦事處業務的總部相關人員之個人稅。一旦大陸辦事處被視為台灣總部之機構場所，不論赴陸人員的出差天數是否滿90天，即需就台灣給付相關部分薪資所得在大陸繳納個人所得稅。

因此，台商積極深耕大陸市場時，以辦事處型態經營不見得是最具稅務效益的方式。除了允許從事之活動先天上有諸多限制外，辦事處也是稅務機關目前查核重點之一，因此不少外商已紛紛將其辦事處轉換為新設子公司。劉中惠建議，決定採用哪種型態設立前，台商宜就總部及大陸當地相應的人員、功能配置及交易安排等環節，與其衍生之各項影響，預先進行充分評估，以免得不償失。