房地合一稅2.0新制已於7月1日正式實施並同步修正房地合一課徵所得稅申報作業要點，其中有關個人及營利事業交易其直接或間接持有股份或出資額過半數之國內外營利事業之股份或出資額，該營利事業股權或出資額之價值50%以上係由境內房地(包括房屋使用權、預售屋及其坐落基地)所構成者，亦須按新制課稅。KPMG安侯建業聯合會計師事務所稅務投資部執業會計師洪銘鴻指出，此時股東「持股比例及持股期間」及營利事業股權或出資額之「價值認定」 即為未來計算交易利得之關鍵。
1. 股東持股比例及持有期間之認定：
(1) 以其交易日起算「前一年內任一日」直接或間接持有該國內外營利事業之股份或資本額，「超過」其已發行股份總數或資本總額50%認定。交易日起算前一年之期間末日在110年6月30日以前者，以110年7月1日為期間末日。
(2) 另自股東取得股份或出資額之日起算至交易之日止，採「先進先出法」計算持有期間。
2. 股權價值50%以上由境內房地構成之認定：
(1) 指交易該營利事業股份或出資額時，「該營利事業或其控制之事業」在境內房地價值，占該營利事業全部股權或出資額價值之比率在50%以上。而全部股權或出資額價值以經會計師查核簽證之財務報告每股淨值或以交易日之該事業資產「每股淨值」計算之。但稽徵機關查得「時價」高於每股淨值者，按查得資料認定。
(2) 而房地時價則可參酌金融機構貸款評定之價格、不動產估價師之估價資料、大型仲介公司買賣資料扣除佣金加成估算之售價、法院拍賣或財政部國有財產署等出售公有房屋及土地之價格、報章雜誌所載市場價格或其他具參考性之時價資料。另時價資料同時有數種者，得以其平均數認定。
洪銘鴻對於納稅義務人以間接轉讓營利事業股權或出資額仍須穿透課稅的規定，特別提醒大家注意以下事項：
1. 被直接或間接轉讓之營利事業價值，原則上以每股淨值計算，惟若帳列房地成本常年未經重估價，則有遭稽徵機關按查得市價調整之風險。亦即按會計師查核簽證淨值計算可能未超過事業價值50%，惟經按市價調整後可能會超過。因此，對持有不動產多年之營利事業之股權轉讓，宜特別注意這個規定。
2. 房地持有期間並不影響股權持股比例之認定，股權持股比例係按股東持有營利事業股權之期間計算，而非按營利事業實際持有房地之期間計算。換言之，即便持有房地之營利事業持有房地已超過五年，惟股東持有該營利事業股權過半數如未滿兩年時，仍須按45%之最高稅率計算所得稅。所以納稅義務人持有股權是否超過50%之期間計算，才是適用不同稅率的認定依據。
3. 有關境內房地價值占股權價值在50%以上者，其範圍除被轉讓之營利事業本身外，尚包括該營利事業控制之事業所持有之房地價值在內。易言之，若被交易之國內(或國外)甲公司並未持有房地，惟甲公司轉投資而持股100%之乙公司若持有房地，則乙公司之房地價值仍須併入甲公司之全部股權或出資額價值計算。
4. 另交易股份或出資額而按房地2.0視同房屋、土地交易課稅者，免再依基本稅額條例課徵基本稅額。
