長期以來，金融業存在著多個難解的稅務爭議，包括前手息、債券溢折價攤銷、認購權證等議題，多年來困擾著徵納雙方，即使案件進入法院，也無法期待法官能給予符合納稅人期待的判決結果，而只能透過修法，或仍需要與稅局進行協談始能解決。而面對這樣的稅務爭議處理模式，新型態或現正在處理中的金融業稅務爭議包括商譽、國外稅額扣抵、國外利息所得及證券化商品課稅等，又繼續考驗著徵納雙方的智慧，但過程之中，卻已經大幅提高了納稅人的經營成本，犧牲企業的競爭力。

KPMG安侯建業聯合會計師事務所稅務部執業會計師黃素貞表示，回顧剛結束的一年（2016年），在金融業指標性稅務爭議案例中，被認為已經透過所得稅法第24條之1第1項及同法施行細則第31條之1第2項、第3項修法解決的「債券溢折價攤銷」議題，在去年一整年中竟然還有十件爭議案件已纏訟至最高行政法院，且均是金融業市場上舉足輕重的金控業者，其中亦包括公營金控，其主要原因，無非是因為修法的階段並沒有將問題徹底解決，也就是新法沒有溯及生效，讓所有案件都有適用的可能性，使得產生「舊案件仍適用舊法，新案件始適用符合實務交易處理現況的新法」此一不合理現象。不但使得租稅公平性繫於不同納稅人的爭議案件涉訟早晚而有不同結果，甚至同一納稅人之不同年度案件亦有不同的納稅義務，顯然與憲法所揭櫫平等原則「等者等之，不等者不等之」的基本法理不盡相符。

因此，黃素貞建議面臨前述可能之稅務爭議時，營利事業提出適當的策略對於回應/遵循法令是關鍵的。而行政救濟已非解決稅務爭議的唯一途徑，納稅人其實可以透過事前交易之規劃，及事後面臨稅務查核時與稅局的有效溝通，化繁為簡，減輕、管控與及時解決相關稅務爭議問題。