Oznacza to, że opodatkowaniu nie podlegają dochody spółki tylko dochody jej wspólników. Wspólnik spółki osobowej będący osoba fizyczną jest więc podatnikiem podatku dochodowego od osób fizycznych. Tego rodzaju zasada wprowadza także konieczność zdefiniowania określonego sposobu w jaki należy kalkulować przychody oraz koszty wspólników z udziału w m.in. spółce jawnej. Zgodnie z art. 8 Ustawy PIT, wysokość przychodów i kosztów osiąganych z udziału w spółce przez wspólnika określa się proporcjonalnie do jego prawa do udziału w zysku.
W praktyce często dochodzi do sytuacji kiedy w ciągu roku podatkowego wspólnik opłaca zaliczki na podatek dochodowy od osób fizycznych będące zobowiązaniem powstałym w wyniku opodatkowania dochodu z udziału w spółce nie ze swojego prywatnego rachunku bankowego lecz z rachunku bankowego spółki.
Zdaniem organów podatkowych (Interpretacja indywidualna Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 22 października 2019 r., znak: 0115-KDIT2-3.4011.318.2019.1.AD) zapłata podatku nie przez podatnika (w przypadku spółki osobowej – jej wspólnika), ale przez inny podmiot w przypadku, kiedy kwota płatności przekracza 1000 zł, nie powoduje wygaśnięcia zobowiązania wobec urzędu skarbowego. Zgodnie z art. 59 § 1 Ordynacji podatkowej zobowiązanie podatkowe wygasa w całości lub w części wskutek zapłaty. Organy podatkowe stoją na stanowisku, że aby zobowiązanie podatkowe wygasło, zapłata zaliczki musi zostać dokonana przez samego podatnika bądź przez podmioty wymienione art. 62 § 1 Ordynacji podatkowej tj.:
- małżonka podatnika, jego zstępnych, wstępnych, pasierba, rodzeństwo, ojczyma i macochę
- aktualnego właściciela przedmiotu hipoteki przymusowej lub zastawu skarbowego, jeżeli podatek zabezpieczony jest hipoteką przymusową lub zastawem skarbowym;
- inny podmiot, w przypadku gdy kwota podatku nie przekracza 1000 zł.