また、移転価格課税等による国際的二重課税の排除を目的とする相互協議に加えて、企業の予測可能性を高め、移転価格税制の適正・円滑な執行を図る観点から、事前確認に係る相互協議も行われている。いずれも、企業からの申立てがあってはじめて開始される。

なお、｢相互協議｣の特徴は、権限ある当局間の直接協議であることであり、これは政府間での非公開協議であるため、原則として納税者が直接協議に参加することはできない。また、相互協議は権限ある当局同士の「合意努力義務」であり、必ずしも合意する義務はないため、合意に至らない可能性がある点には留意が必要である。

2018年度において、移転価格税制に係るAPAの申請件数は163件と昨年度より減少傾向にある。一方で処理された件数は146件と増加し、継続案件は404件を記録している。尚、APAの申請件数は増加しており、対象となる相手国が多様化していることも本邦におけるAPA・相互協議の特徴の一つとして挙げられる。前述の通り、BRICSやその他のアジア諸国と言った取引相手国の多様化と、こうした国に所在する国外関連者との取引に係る調査・課税の件数の増加に伴い、本邦税務当局が協議を行う相手国も多様化している。こうした状況を踏まえ、本邦税務当局としても体制を強化しており、人員の拡大の他、各国税務当局とのネットワークの拡充や情報交換制度を通じた情報収集の強化に取り組んでいる。そのため、各国との租税条約の改定順次進めており、情報交換制度に基づく情報収集件数は約100万件にのぼるなど、体制の強化が進められている。

（出典：国税庁ホームページ）

移転価格課税後の手続

移転価格課税事案において、相互協議が合意に至った場合には、移転価格課税が行われた相手国において対応的調整を行うこととされており、合意内容に応じて減額更正を行い、それに対応する税額を還付することにより、国際的二重課税が解消される仕組となっている。

事前確認制度（Advance Pricing Agreement）の申請（対米国のケース）

2カ国以上の国を対象とした事前確認においては、政府間の合意を得るための相互協議の申立てを事前確認と併せて行う必要がある。