青色欠損金には、以下の制度が設けられている。
法人の各事業年度開始の日前10年※以内に開始した事業年度において生じた欠損金(青色欠損金)は、以下の金額を限度として、その各事業年度の所得金額の計算上損金の額に算入される。
ただし、以下の法人については、各事業年度の所得金額の全額が青色欠損金の損金算入額の限度とされる。
この制度は、欠損金の生じた事業年度について青色申告書である確定申告書を提出し、かつ、その後において連続して確定申告書を提出している場合であって、欠損金の生じた事業年度に係る帳簿書類を保存している場合に限り、適用できる。
※2018年3月31日までに開始する事業年度において生じた欠損金については、「9年」とされる。
青色申告書である確定申告書を提出する事業年度に生じた欠損金額がある場合において、その欠損金額の生じた事業年度(欠損事業年度)開始の日前1年以内に開始したいずれかの事業年度(還付所得事業年度)に、その欠損金額を繰り戻して法人税額の還付を請求することができる。還付金額は以下のように計算される。
還付所得事業年度の法人税額 × (欠損事業年度の欠損金額 ÷ 還付所得事業年度の所得金額)
ただし、中小法人以外の法人には、以下に掲げる事業年度において生じた欠損金を除き、2022年3月31日までに終了する各事業年度において生じた欠損金については、この制度の適用が停止されている。※
この制度は、還付所得事業年度から欠損事業年度の前事業年度までの各事業年度について連続して青色申告書である確定申告書を提出し、かつ、期限内に提出した欠損事業年度の青色申告書である確定申告書(期限後申告書を除く。)と同時に「還付請求書」を提出した場合に限り、適用できる。
※新型コロナウイルス感染症拡大に伴い、中小法人以外の法人であっても、資本金の額が10億円以下の法人(資本金の額が10億円超である法人にその発行済株式の全部を保有されているもの等を除く。)については、2020年2月1日から2022年1月31日までの間に終了する各事業年度に生じた欠損金につき、欠損金の繰戻し還付の適用が可能とされている。
他の者によりその発行済株式の50%超を直接又は間接に保有される関係(特定支配関係)が生じた日(特定支配日)の属する事業年度(特定支配事業年度)において、その特定支配事業年度前の各事業年度に生じた青色欠損金又は評価損資産を有する法人(欠損等法人)が、その特定支配日以後5年を経過した日の前日までに、たとえば、以下のような事由に該当する場合には、その該当することとなった日の属する事業年度(適用事業年度)以後の各事業年度においては、その適用事業年度前に生じた青色欠損金については、上記1.の青色欠損金の繰越しは適用できない。
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