連結納税制度は、内国法人である親法人とその親法人に発行済株式の100％を直接又は間接に保有される内国法人（子法人）がその制度を選択することにより適用される。その適用にあたっては、100％保有関係にあるすべての子法人を連結納税グループに含めなければならないが、外国法人により保有される兄弟関係にある内国法人間には、連結納税制度を適用することはできない。また、いったん連結納税制度を選択すると、原則としてこれを取りやめることはできない。

連結納税制度を選択しない場合においても、企業グループの一体性に配慮した「グループ法人税制」のもと、100％グループ内の内国法人間における資産の譲渡損益の繰延べ等の措置が自動的に適用されるが、以下の項目は、連結納税制度を選択した場合にのみ適用される。

• 連結納税グループ内の法人間での損益通算が可能。
  
• 一定の場合には、連結納税開始時又は子法人の既存の連結納税グループへの加入時において、連結子法人の有する一定の資産について時価評価課税が行われる。
• 連結納税開始時又は子法人の既存の連結納税グループへの加入時には、一定の場合を除き繰越欠損金は消滅する。

上記の特徴が及ぼすメリット・デメリット、連結ベースで所得計算することによる事務負担の増加など、その導入にあたっては慎重な検討が必要である。

なお、消費税や法人事業税及び法人住民税などの地方税には連結納税制度はないため、これらの税目については、法人税で連結納税制度を選択した場合においても単体申告を行う必要がある。