連結納税制度は、内国法人である親法人とその親法人に発行済株式の100％を直接又は間接に保有される内国法人（子法人）がその制度を選択することにより適用される。その適用にあたっては、100％保有関係にあるすべての子法人を連結納税グループに含めなければならないが、外国法人により保有される兄弟関係にある内国法人間には、連結納税制度を適用することはできない。また、いったん連結納税制度を選択すると、原則としてこれを取りやめることはできない。

連結納税制度を選択しない場合においても、企業グループの一体性に配慮した「グループ法人税制」のもと、100％グループ内の内国法人間における資産の譲渡損益の繰延べ等の措置が自動的に適用されるが、たとえば以下の項目は、連結納税制度を選択した場合にのみ適用される。

• 連結納税グループ内の法人間での損益通算
  
• 連結納税開始時又は連結納税グループへの加入時における、一定の子法人の有する一定の資産に係る時価評価損益の計上
• 連結親法人の連結納税開始前の繰越欠損金の連結所得からの控除及び一定の要件を満たす子法人（特定連結子法人）の連結納税開始前又は連結納税グループへの加入前の繰越欠損金の連結所得からの控除（その特定連結子法人の個別所得金額が限度）

また、連結納税制度を選択した場合には個別制度の計算にも影響があることから、上記の項目や個別制度の計算の影響が及ぼすメリット・デメリット、連結ベースで所得計算することによる事務負担の増加など、その導入にあたっては慎重な検討が必要である^（*）。

^（*）   2022年3月31日に連結納税制度を選択している連結納税グループは、2022年4月1日においてグループ通算制度の承認を受けたものとみなされ、グループ通算制度へ自動的に移行することとされる。ただし、2022年4月1日以後最初に開始する事業年度開始日の前日までに、連結親法人が所轄税務署長に届出書を提出した場合には、グループ通算制度の適用を受けない法人となることができる。

なお、消費税や法人事業税及び法人住民税などの地方税には連結納税制度はないため、これらの税目については、法人税で連結納税制度を選択した場合においても単体申告を行う必要がある。

参考
ビジネスキーワード「グループ通算制度」